在多重实时PCR（qPCR）中，科学家使用相同的试剂混合物在同一反应中扩增两个或多个靶基因。复用允许科学家克服众多应用的限制。BOEOC热循环仪(PCR)
首先，多重操作使科学家能够保存用于定量测定的有价值的样品，这对于涉及难以获得的标本的研究尤为重要。在单个qPCR实验中，每个孔中仅扩增目的基因或对照。如果每个测定重复三次，研究人员需要将样品分成多个孔以测量基因表达，从而限制了在使用供不应求的样品时可以测试的基因数量。科学家通过在同一反应中扩增多个基因来克服这些限制。此外，研究人员减少了执行qPCR的成本和时间，因为他们每个实验使用的试剂更少，并且可以运行实验并更快地分析结果。由于一次反应与多次反应相比，移液错误也可能被最小化，
多重qPCR在研究和工业中的应用
多重定量PCR是多种应用的不错选择：
基因表达分析：在基因表达分析中，研究人员研究了来自其编码基因的基因产物的发生或活性。这提供了生物活性的敏感指标；基因表达模式的变化反映了生物学过程的变化。复用很容易扩展以捕获其他基因座或覆盖其他物种。1个
SNP基因分型：单核苷酸多态性（SNP）基因分型是衡量物种成员之间遗传变异的方法。用于SNP基因分型的多重qPCR分析可通过节省样品，试剂和时间来提高效率。
副本编号变化：当基因组部分重复且个体之间重复的次数不同时，就会发生拷贝数变异（CNV）。人类基因组包含许多CNV，其中一些与复杂疾病有关。许多其他原因导致遗传性疾病。科学家使用多重qPCR来同时研究多个CNV，从而促进了对多种疾病的研究。
转基因植物检测。转基因生物（GMO）监测的目的是发现转基因生物对人类健康和环境的潜在不利影响，并在必要时减轻其传播。用于检测转基因植物的PCR分析通常针对P35S或TNOS DNA序列。但是，由于P35S启动子衍生自花椰菜花叶病毒（CaMV），因此这些检测方法可以从被这种天然病毒感染的非转基因植物中产生假阳性结果。多路复用技术使科学家可以在单个反应中将受CaMV感染的植物与GM植物区分开。2
快速病原体鉴定：诸如qPCR之类的分子测试可以使早期调整抗微生物治疗，并补充危重患者的血液培养。科学家可以使用多重qPCR来同时测试血流中的几种潜在病原体，这可以加快患者治疗的速度。3
流行病学和药物疗效监测：准确定量评估各种寄生虫或微生物感染是解释流行病学数据的关键。它还有助于监视大规模治疗功效研究。多重qPCR测定法可帮助研究人员以比单一测定法更广泛的范围追踪感染的发生率，强度和对治疗的反应。
